ははは。やっと理由が分かりましたよ。以下のコードは2つめのscript要素とlink要素をコメントアウトするとchangeを押したとき、ボタンのラベルが変わります。しかし、コメントアウトしないと変わりません。
サンプルソース §
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title></title>
<script type="text/javascript" src="http://ajax.aspnetcdn.com/ajax/jQuery/jquery-1.7.1.min.js"></script>
<script src="http://code.jquery.com/mobile/1.0.1/jquery.mobile-1.0.1.min.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="http://code.jquery.com/mobile/1.0.1/jquery.mobile-1.0.1.min.css" />
<script>
function myfunction() {
$("#Button1").val("ABC");
}
</script>
</head>
<body>
<input id="Button1" type="button" value="button" />
<input id="Button2" type="button" value="change" onclick="myfunction();" />
</body>
</html>
理由 §
実はjQuery mobileでボタンに見えるものは、ボタンをエミュレーションするHTML要素ツリーを自動的に生成しているだけ。なので、ボタンを書き換えても「ボタンに見えるもの」までは書き換わらないという仕掛けですね。
感想 §
jQuery mobileは意外と便利そうに見えて制限に引っかかると大変。
追記 §
対策としては、ボタンを使わないでdata-role="button"を指定したa要素を使えばいいのかな。
<a href="index.html" data-role="button">Link button</a>